Ngựa có nhiều màu sắc do đó có những tên gọi khác để mô tả nhau tùy theo sắc lông. Hiện có rất nhiều màu kết hợp thành nhiều màu sắc khác nhau cho từng cá thể ngựa. Ngựa là loài có đặc tính di truyền màu lông, cho nên phải đặt ra một số từ để mô tả chúng. Ở ngựa có các màu lông cơ bản là hạt dẻ, hồng và đen. Sự dịch chuyển màu của ba màu cơ bản là do hiệu quả tương tác của các alen cùng xuất hiện. Toàn bộ màu sắc phổ biến nhất được công nhận là nâu đỏ, đen, nâu, hạt dẻ (hồng), màu nâu xám, kem, Palomino (vàng và trắng), hoặc màu xám. Palomino là danh từ chung để chỉ loại ngựa có màu sắc trắng bạch kim óng ánh (gọi nôm na là ngựa kim, một dạng màu vàng trắng). Có nhiều con màu sắc có nhiều khoang (thường được gọi là đốm), sắc trắng và hồng (còn được gọi là ngựa sơn), loang nâu được phát hiện ở loài ngựa (ngựa Appaloosa).

Theo cách phân chia của phương Tây: Màu sắc con ngựa thường được xác định bởi các màu sau như: Màu Bay hay màu be (màu nâu đỏ sáng đến màu nâu tối), màu nâu thường (Brown), màu hạt dẻ/Chestnut (màu đỏ không có màu đen), màu gan/Liver (màu nâu rất tối), Sorrel (màu đỏ, giống màu sắc của một đồng xu mới), màu xám (lông đen và trắng hoặc màu trắng hỗn hợp), màu muối tiêu (Salt và Pepper) hoặc màu xám thép/"steel" gray (lông trắng và đen đều trộn lẫn trên hầu hết trên cơ thể), Dapple gray (màu tối đậm xen với màu xám nhẹ), Fleabitten gray (màu đỏ lấm tấm khắp lông), đốm hồng/Rose gray (màu xám với một màu hơi đỏ hoặc màu hồng nhạt pha với nhau).

Theo cách phân chia của phương Đông: Ngựa mà tuyền màu trắng gọi là ngựa bạch (lông toàn màu trắng), lông trắng có chen một ít đen gọi là ngựạ kim (lông màu trắng mốc), lông đen tuyền gọi là ngựa ô, đen pha tí chút đỏ gọi là ngựa khứu, đen pha nhiều đỏ gọi là ngựa hởi, đen pha đỏ tươi là ngựa vang, lông màu đen pha đỏ đậm là ngựa hồng, trắng đen pha chút đỏ là ngựa đạm, lông tím đỏ pha đen thì gọi là ngựa tía, trắng sọc đen là ngựa vằn, ngoài ra còn có ngựa xám, ngựa đỏ, ngựa bích. Màu sắc lông ngựa được ghi lại trong sách Trung Quốc có 20 loại ngựa trên cơ sở sắc màu của chúng. Ở Việt Nam một số quan niệm phân định 14 loại sắc lông ngựa gồm: Ngựa Hạc; Ngựa Hởi; Ngựa Kim; Ngựa Ô; Ngựa Hồng; Ngựa Tía; Ngựa Ðạm; Ngựa Khứu; Ngựa Chuy; Ngựa Séo; Ngựa Bích; Ngựa Qua; Ngựa Phiếu; Ngựa Thông.

Ở ngựa có bốn màu sắc chính:

• Ngựa đen (ngựa ô): đen đậm, đen nhạt, đen loang (ô Chuy).
• Ngựa hồng (hồng mã): tía, vàng đậm nâu, nâu nhạt, hạt dẻ, sôcôla, sôcôla nhạt.
• Ngựa xám: xám đậm, xám nhạt, xám trắng.
• Ngựa bạch: trắng tuyền hoặc trắng ánh kim, màu trắng tuyền (WW) là trội so với các màu tuyền khác. Vì vậy khi con vật có mảng trắng trên nền đen, nền nâu thì màu trắng xem ra có vẻ lấn át nên các loại ngựa ấy được gọi là trắng xám, trắng hồng, chấm trắng, lang trắng có thể không rộng lắm trên cơ thể nhưng cũng thường thấy ở mũi, mí mắt, phần dưới tứ chi, bờm, đuôi.

Màu lông cơ bản có ba loại:

• Màu đen: đặc trưng của nó là thân đen và đuôi đen, phần dưới tứ chi cũng đều là màu đen, ngọn lông có màu rỉ sét, dưới ánh mặt trời nó giống màu đỏ đen.
• Lưu mao: Là những giống ngựa có đặc trưng của nó là đuôi và phần dưới tứ chi có màu đen, lông từ màu vàng chuyển sang đỏ, màu nâu đen thay đổi, ngựa màu nâu đen gọi là ngựa Hắc Lưu, có khi mức độ đen giống màu đen ở đuôi, nhưng màu sắc lông ở quanh miệng, mũi, mắt, đặc biệt là màu ở đường giữa chân sau có màu lông nhạt hơn, vẫn có thể phân biệt được với màu đen.
• Màu hạt dẻ (chesnut): đặc trưng là lông có màu từ màu vàng chuyển sang đỏ nâu, đuôi và phần dưới tứ chi có màu sắc giống như vậy, nhưng nhạt hơn.

Ngoài ra còn có hai màu lông thường gặp: màu cát, màu trắng.

• Màu cát có hai loại: một loại là màu lông này duy trì suốt đời. Một loại là màu lông cát nhưng khi già đi sẽ chuyển thành màu trắng, càng già số lượng lông trắng càng nhiều lên, đến khi 12 tuổi, có thể toàn thân sẽ chuyển thành màu trắng.
• Lông trắng có hai loại, một là trong suốt, lông và da đều không có sắc tố, di truyền lặn, một loại khác là mắt và miệng có sắc tố, biểu hiện trắng trội, những chỗ khác đều không có sắc tố. Màu trắng cũng thay đổi theo tuổi, thường thấy ở ngựa trung niên, hóa ra xám khi già hơn. Khi nhỏ, ngựa có lông xám có màu đậm hơn, khi lớn có màu sáng hơn, trắng hơn, nhưng vẫn giữ màu đen ở chân lông.
• Ngựa bạch cũng có ba loại bạch hồng, bạch kim và bạch nhạn. Điểm cốt yếu để phân biệt giữa ngựa bạch và ngựa thường đó là đôi mắt và móng ngựa. Đôi mắt ngựa bạch thuần chủng trông như hòn bi ve, móng ngựa bạch cũng phủ một màu trắng và toàn thân không có một chấm đen[1] Toàn thân có màu trắng, mắt hồng và trong như viên bi ve, nếu đang đi ngoài đường vào chính Ngọ (12 giờ) nó sẽ khựng lại một lúc.

• Ngựa hoang duy nhất còn tồn tại ngày nay là ngựa hoang Mông Cổ hay còn gọi là ngựa hoang Przewalski (nay thường xuất hiện ở vùng Tân Cương Trung Quốc hoặc vùng Trung Á Tây Á Liên Xô Cũ), lông mao loài ngựa này có màu đen và dài.

Loài ngựa hầu hết đều có cùng một màu sắc trong suốt cuộc đời, chỉ có một số ít thay đổi sau nhiều năm phát triển tạo ra một màu lông khác với lúc nguyên thủy sinh ra. Hầu hết các mảng màu trắng lúc mới sinh, và màu da cơ bản của một con ngựa sẽ không thay đổi. Theo cơ bản của di truyền về màu lông ngựa và với xét nghiệm trong DNA để xác định khả năng một con ngựa khi sinh ra sẽ có một màu nhất định, cho nên các nhà nghiên cứu lấy màu lông ngựa để phân biệt giống.

Tuy nhiên sau nhiều năm phát triển lại có thêm một số màu sắc khác. Đó chính là vấn đề hiện nay vẫn còn thảo luận, nghiên cứu, thậm chí vẫn còn tiếp tục tranh cãi về một số chi tiết, đặc biệt là những con ngựa với mô hình đốm, màu sắc như “sooty” hay “flaxen. Về di truyền, thì tất cả những con ngựa bắt đầu sinh ra với màu hạt dẻ mà các nhà di truyền học gọi là "màu đỏ", lý do vì sự vắng mặt của gen ("e"), hoặc đen của gen ("E") hoa. Vì vậy, màu đỏ gọi là gen ("ee") và đen ("EE" hoặc "Ee") là hai màu cơ bản. Trong phạm vi rộng lớn của tất cả các màu lông khác được tạo ra bởi hành động bổ sung gen.

Con ngựa trắng khi sinh ra không phải là màu trắng. Lúc đầu với mái tóc đen sau đó mất dần đổi sang màu trắng, thông thường tóc ngựa chuyển sang màu trắng tinh khiết giữa khoảng 6-8 tuổi. Con ngựa trắng thường được gọi là ngựa màu xám bởi vì màu sắc sẽ biến đổi theo một quá trình lão hóa. Màu da bình thường của con ngựa là màu đen, tóc trắng cho nên chúng ta nhìn nó giống như là màu xám. Nhiều con ngựa màu xám bị đổi màu da, một số lốm đốm và một số có vệt màu đỏ gọi là "blood marks" tức là "dấu máu.".

Một số cá thể ngựa có màu lông đặc biệt khác được lưu truyền qua tiểu thuyết, sử sách như màu Xích hay còn gọi là sắc lông màu đỏ (nổi tiếng nhất là con ngựa Xích Thố). Màu Ô, màu Ly là ngựa có sắc lông màu đen (chẳng hạn như con ngựa Ô Truy của Hạng Võ), ngựa Phiêu là ngựa có sắc lông xanh trắng (Phiêu Kỵ tướng quân). Lạc là ngựa vằn (Lạc mã thiên lý vương). Tinh là ngựa hồng (Song vĩ tinh còn gọi là Song vĩ hồng là con ngựa hồng hai đuôi của Lý Thường Kiệt).